Para que o mysql use UTF-8 por padrão, é necessário adicionar duas linhas no /etc/mysql/my.cnf (no caso do ubuntu)

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[mysqld] 
character-set-server=utf8 
collation-server=utf8_general_ci

Depois disso e de reiniciar o mysql (sudo restart mysql), é possível verificar se deu certo com a query:

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show variables like "%character%";show variables like "%collation%";

Se tiver dado certo, a coluna Value estará apenas com valores relacionados ao UTF-8